Les sociétés de portage salarial adoptent en général une méthode de calcul de base de la rémunération similaire pour leur consultant. Le montant du salaire net est égal au montant Hors Taxes des honoraires facturés auquel est retiré :

- les frais professionnels remboursés, qui diffèrent d’une société à une autre,

- le coût des services de la société l’employant selon sa gestion des frais et qui peut varier selon le chiffre d’affaires dégagé, et selon le prix fixé des missions,

- les taxes de l’Etat (apprentissage, formation, professionnelle etc…) en fonction de l’assiette annuelle, qui varie d’une entreprise à une autre selon le type de la convention collective de l’entreprise, selon les salaires versés,

- les charges salariales qui représentent en moyenne 25% du salaire brut et les charges patronales qui représentent en moyenne 50% du salaire brut.

Le reste du salaire est calculé, selon les entreprises, soit sur la base des heures réalisées accordé d’un complément basé sur les recettes, soit sur la base de la facturation du mois écoulé considérée comme totalement encaissée, soit selon une variante sur le chiffre d'affaires global réalisé.